Seit Aufnahme der klinischen Krebsregistrierung im Jahr 2015 erfolgt die Finanzierung des Krebsregisters überwiegend von den Trägern der gesetzlichen und privaten Krankenversicherung. Dies ist im Krebsfrüherkennungs und –registergesetz so festgelegt. Weiterhin wird die klinische Krebsregistrierung anteilig von der Senatorin für Gesundheit, Frauen und Verbraucherschutz des Landes Bremen gefördet, die auch die Förderung der epidemiologischen Krebsregistrierung trägt.

Darüber hinaus wurden für den Aufbau der epidemiologischen als auch der klinischen Krebsregistrierung Mittel von der Deutschen Krebshilfe bereitgestellt.

Weiterhin hat sich die Bremer Krebsgesellschaft am Aufbau der klinischen Krebsregistrierung beteiligt.