Das Bremer Krebsregister besteht aus einer Vertrauensstelle und einer Auswertungsstelle, die einer gemeinsamen ärztlichen Leitung unterstehen. In der Vertrauensstelle werden Daten mit Namen und Adressen verarbeitet. Die Auswertungsstelle wertet ausschließlich Daten ohne Namensbezug aus. Das Bremer Krebsregister ist räumlich am Leibniz-Institut für Präventionsforschung und Epidemiologie - BIPS angesiedelt. Dieses führt auch die Aufgaben der Auswertungsstelle und ärztlichen Leitung durch. Für die Durchführung der Aufgaben der Vertrauensstelle ist die Kassenärztliche Vereinigung Bremen verantwortlich. Die Fachaufsicht über das Bremer Krebsregister hat die Senatorin für Gesundheit, Frauen und Verbraucherschutz.